…зашифровать папку в процессе установки системы. Но это не модно, а в ряде случаев нереально.
Поэтому…

sudo apt-get install ecryptfs-utils cryptsetup

Нельзя зашифровать домашний каталог пока вы в системе. Поэтому нужно будет создать еще одного временного пользователя с полномочиями администратора (см. Linux: как добавить пользователя )
Следующий шаг - выходим из-под текущего пользователя, и заходим под только что созданным.
Дальше:

sudo ecryptfs-migrate-home -u user

user - логин основного пользователя.
Там надо ввести пароль пользователя, после чего домашний каталог будет зашифрован.
Но есть несколько важных замечаний:

• Вы должны войти под основной учетной записью сейчас, не перезагружаясь;
• Перед шифрованием была создана резервная копия домашнего каталога, вы можете восстановить все данные если понадобится;
• Нужно создать и записать ключ восстановления;
• Лучше также зашифровать swap раздел.

После окончания шифрования - зайдите в систему под основной учеткой. (Без перегрузки!!!*)
Система предложит создать ключ восстановления данных. Создайте и запишите его.