Если вы шифровали домашнюю папку во время установки Ubuntu, swap раздел будет зашифрован автоматически. Но в нашем случае если вы хотите зашифровать swap нужно выполнить команду:

sudo ecryptfs-setup-swap

Отсюда: https://losst.ru/shifrovanie-domashnej-papki-v-ubuntu