Для того, чтобы использовать php как скрипт оболочки, первым делом надо поставить php-cli:

sudo apt-get install php5-cli

Далее можно использовать php для скриптов linux shell.

Первой строчкой написать #!/usr/bin/php, сделать скрипт исполнимым - тогда его можно запускать напрямую ($ script.php)

Заускать скрипт через php, примерно так: $ php script.php
При этом способе первая строчка остается прежней, писать #!/usr/bin/php не надо.

Параметры скрипта передаются через суперглобальный массив $argv.
Нулевой аргумент этого массива - полное имя (включая путь) скрипта, далее - все параметры, которые передаются в скрипт.