Основная статья: http://www.alib.spb.ru/blog/page/skript-vkljuchenija-vykljuchenija-logirovanija-sql-zaprosov-v-mysql
Скрипт: db-log.zip
Использование:

db-log.sh [start|stop]

параметр start - включит логирование, stop - выключит.
Сам мониторинг:

sudo tail -f /tmp/mysql.log