Если честно, то yndex-disk предполагает не синхронизаию, а - зеркалирование, причем двухстороннее: поправил что-то в «облаке» (например, удалил файл) - оно же отразилось на локальной машине (машинах) и наоборот. Так что аккуратнее с этим делом :)
А так, синхронизация настраивается достаточно просто
Достаточно запустить
$ yandex-disk sync
и синхронизция пойдет сама (при условии установленного и настроенного клиента yandex-disk)
Про настройки yandex-disk смотри тут Настройка yandex-disk через клиент и WebDAV
Тут тоже ничего сложного. Достаточно держать запущенный клиент (yandex-disk start) - и синхронизация будет идти сама. До перезагрузки/выключения. Чтобы этого избежать - прописываем клиент а автозагрузку.
см: