Для удаления пользователя в Linux (debian-based как минимум) есть две команды:
sudo rm -rf /home/$user-to-del
Далее, необходимо «вручную» поискать файлы, не принадлежащие никому и удалить их, если есть. См. Поиск
Команды удаления пользователя надо запускать из-под root (sudo deluser).
Удаление пользователя root - далеко не самая хорошая идея. Если Вы все-таки решили его удалить, Вы должны чётко понимать, зачем вы это делаете и последствия.