Правильный ответ: никак. Для того, чтобы использовать эту полезную фичу, нужно использовать версию wmctrl с исправленным багом.
Взять ее можно тут: https://github.com/geekless/wmctrl
Собранный .deb пакет: http://westudio.ru/Files/anton/wmctrl_1.08-1_i386.deb
А теперь самое интересное: зачем все это? А очень просто, хотел, чтобы активное окно сворачивались по нажатию комбинации клавиш. Удобно :)
По мотивам http://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=140702.0
UPD: команда для миниманизации текущего активного окна после установки патченного WMCTRL: wmctrl -Y :ACTIVE:

Источник: http://www.alib.spb.ru/blog/page/wmctrl-kak-svernut-aktivnoe-okno

см. WmCtrl - как свернуть все