/etc/apache2/apache2.conf отвечает за основные настройки
/etc/apache2/conf-available/* — дополнительные настройки веб-сервера
/etc/apache2/mods-available/* — настройки модулей
/etc/apache2/sites-available/* — настойки виртуальных хостов
/etc/apache2/ports.conf — порты, на которых работает apache
/etc/apache2/envvars