Настройки Skype в Linux хранятся тут:
~/.Skype/%skype-user-name%
и тут:
~/.config/Skype
Соответственно, удалить личные настройки скайпа в Linux:
rm -rf ~/.Skype/%skype-user-name%
rm -rf ~/.config/Skype/%skype-user-name%
Репозитории: https://repo.skype.com/deb/
Работающий выход - использовать расширение Skype для Google Chrome. Все видит, все работает.