Заархивировать с паролем: zip -9 -P PASSWORD /tmp/mysql-dump.zip /tmp/mysql-dump.sql
Запаковать текущую папку с подпапками в zip-архив folder.zip
zip -r folder.zip ./
-j - не записывать пути директорий
zip -9 /tmp/arch.zip -r /home/alexander/WWW/ -x '*.e/*'
В данном примере создается архив /tmp/arch.zip - в него помещается содержимое папки /home/alexander/WWW/ - исключая подпапки /.e - где бы они по иерархии не встретились. Если нужно больше одного исключения, то ключ -x повторяется нужное число раз.
Важный параметр -j - он заставляет архиватор архивировать без того, чтобы писать все пути а архив (без него будет записан путь от /home, с ним - пути не будет вообще). Например:
zip -j -9 -P 2019 /home/alex/Рабочий\ стол/archive.zip -r /home/alex/Рабочий\ стол/Folder-with-files/